건강도시 사업은 1986년 세계보건기구(WHO) 유럽 및 북미지역 사무국에서 16개 나라 30개 도시에서 시작하였으며, 서태평양 지역은 1980년대 말 일본, 호주, 뉴질랜드에서 시작하였다

1991년 세계보건기구 총회에서 선진국, 개발도상국 모두에서 도시의 건강문제를 해결하는 수단으로 건강도시 사업을 지목하였으며, 세계지역별로 네트워크를 형성하여 정보교환, 경향 공유, 상호간 지지체계 확립, 새로운 전력 개발, 결과 및 아이디어 공유, 파트너쉽 형성 등을 위하여 1,000여개 도시에서 공동으로 노력하고 있다.

우리나라 건강도시 프로젝트는 1986년 초기부터 그 개념이 국내 학계에 소개되어 1996년 과천시 시범사업을 통해 국내 최초로 시도되었다.