청곡사 대웅전에는 목조로 만들어진 석가모니불좌상을 중심으로 좌측에는 문수보살좌상이 우측에는 보현보살좌상이 봉안되어 있다. 건륭15년(1750)에 기록된 ‘불사동결연작복록(佛事同結緣作福錄)’에서 “만력43년을묘불상조성...” 이라는 불상의 제작연대가 적혀있어 1615년에 조성된 것으로 추정된다.

석가모니불좌상은 신체비례가 알맞고 자세가 안정감 있다. 머리는 둥근 복발형에 높게 솟은 정상계주와 중간계주가 표현되어 있다. 방형의 상호는 이마가 넓고, 반개한 눈과 넓고 편평한 코, 굳게 다문 입술 등이 조화를 이루어 엄정한 인상을 풍긴다. 볼과 턱에는 적당히 살이 올라와 있으며, 두툼한 귀는 턱까지 내려와 있어 전체적인 상호가 원만하다. 넓은 어깨의 네모난 상체를 가졌지만 가슴은 편평하고 아랫배는 부풀어있다. 수인은 항마촉지인을 결하고 있다. 하체는 결가부좌로 넓고 낮아 안정적인 자세를 취하고 있다. 착의는 변형의 편단우견이며 가슴까지 올라오는 승각기는 의대(衣帶)로 묶어 꽃잎형 주름이 나타난다. 왼손에서 내려온 소매자락은 무릎위에 올려진 오른발을 덮고 왼쪽 무릎 위에 꽃봉오리 모양을 이루었다. 다리위에 흘러내린 대의자락은 양 다리를 감싸고 4단의 부채형 주름으로 표현되었다. 좌·우협시인 문수·보현보살좌상은 좌·우 수인의 위치와 좌·우 어깨를 덮는 이중착의 형식만 다를 뿐 상호와 신체비례 등 전체적인 조형은 본존과 동일하다. 각각의 두 보살좌상의 상투는 높은 편이며 귀를 휘감은 보발은 귀 뒤쪽을 타고 내려와 어깨 위에서 조그만 원을 중심으로 두 개의 타원을 형성하고 세 가닥으로 나뉘어 흘러내렸다. 보관은 높고 섬세하게 표현되었으며 이와 반대로 보살좌상의 영락장식은 단순하게 작은 귀걸이와 팔찌만 표현되었다.

청곡사 목조석가여래삼존불상의 제작자는 관련 기록이 현전하지 않아 알 수 없지만 상호의 표현과 신체의 비례, 착의의 표현 등이 1629년 조각승 현진이 조성한 관룡사 목조석가여래삼불과 유사하다. 비교적 큰 규모를 자랑하는 수작으로 임진왜란 이후의 불상조성 양식연구에 중요한 자료적 가치를 지니고 있다.