자는 인언이며 전주이씨로 병마절도사 이구침의 아들이다. 퇴계 이황선생의 문하에서 수학하였으며 일찍이 무과에 급제하여 선조 16년(1583) 군관으로 이제신과 종군하여 북방수비에 많은 공을 세웠다. 임진왜란으로 진주성이 적에게 포위되자 김해부사로써 많은 군사를 이끌고 진주성으로 뚫고 들어가 방어전략을 세웠다. 진주목사 서예원이 성을 버리고 후퇴코자 함으로 그는 의병들이 곧 도착할 것이라 하면서 그를 잘 타일러 성을 지키다가 쳐들어 오는 적군을 황진과 함께 전략을 세워서 방어하며 용맹하게 싸웠으나 중과부적으로 드디어 성은 함락되고 적병이 서북쪽에서 난입해 오므로 끝까지 싸워 많은 적병을 죽이고 드디어 남강에 이르자 양쪽 겨드랑에 적병 한놈 씩을 끼고 "김해부사 이종인이 여기에서 죽는다" 크게 외치고 순절했다. 뒤에 호조판서에 추증되었으며 진주 창렬사에 모셨다.